„Manipulation“ beginnt damit, dass Matteo, gespielt von Radoslav Gavlas, einer in Prag ansässigen Geheimgesellschaft beitritt. Die von dem Meister (Pawel Lawrynowicz) angeführte Gruppe erpresst einflussreiche Personen und sammelt Informationen, um ihre Macht auszubauen. Matteo erhält den Auftrag, die katholische Kirche zu infiltrieren, doch der Grund für die Mission bleibt unklar.
Matteo gerät in einen Gewissenskonflikt, als er sieht, wie sein Vater, ein von Predrag Bjelac gespieltes Mitglied der Gesellschaft, den Kindern eines Überläufers droht. Später wird Matteo nach Bologna geschickt und trifft dort einen Professor (Pavel Kriz), der die Gefahren geheimer Cliquen schildert. Der Professor vermutet, dass der Meister alchemistisches Wissen verfolgt, das mit dem römisch-deutschen Kaiser Rudolf II. in Verbindung steht.
Die Handlung verknüpft die Spionage der Gesellschaft, die Gegenspionage der Kirche und die Versuche einer Zeitung, die Geschichte aufzudecken. Matteo lässt sich außerdem mit Anna (Anna Ctvrtníčková) ein, deren Vater, ein von Féodor Atkine gespielter Bibliothekar der Kirche, aus einem Rat entfernt wurde, nachdem er dessen Mitglieder vor einem Priester gewarnt hatte, der des Doppelspiels beschuldigt wird (Heino Ferch).
Die Kritik beschreibt die Verschwörung des Films als dicht, aber vage, mit einer überfüllten Besetzung, unglaubwürdigen Wendungen und Dialogen, die oft gekünstelt wirken. Sie merkt an, dass Balda dem Film einen düsteren visuellen Stil verleiht und die sich häufenden Wendungen schließlich für etwas mehr Schwung sorgen, findet jedoch, dass die Geschichte insgesamt schwer zu durchschauen ist.
Quellen: The Guardian Film.